Hallo,
leider ist Ihr Sachverhalt sehr kurz bemessen. Wie das Finanzamt auf 50.000 Euro Nachzahlung kommt, lässt sich hier nicht beurteilen.
Es ist aber so, dass Ihr Verkaufserlös natürlich dem Unternehmensgewinn zuzurechnen ist. Es gibt hierbei Freibeträge, zb. wenn man das 55 Lebensjahr vollendet hat etc. Es ist also keineswegs eine "kuriose" Forderung des Finanzamtes.
Mir scheint, Sie haben sich da ein wenig gekümmert. Hatten Sie keinen Steuerberater zur Seite? In diesem Fall hätte es sich sicherlich gelohnt.
Grüße aus Berlin